ничего не понимаю :(
они не имеют ничего общего с содержимым папки AT91SAM9260-EK
в скриптах есть вызовы бинарников.
откуда они взяты? ведь родные собраны для платы с другим кварцем!

Потому как в те времена (пару лет назад) атмел выдавала все в скриптах, которые я и правил, честно говоря я вообще не представляю, о чем они сейчас думают, выдавая все в бинарниках ...

но ведь инициализация процессора делается бинарниками!
и ваши скрипты их запускают!
и глубоко не разбирался, но вроде бы именно бинарники обеспечивают передачу данных, а скрипты лишь обеспечивают взаимодействие.
а раз бинарники родные атмеловские, то как это работает?
ведь ваши платы отличаются друг от друга тем, что на одних 32 бита шина, на других 16. и кварц отличается от атмеловского.

хм.. чем гадать как и что, может проще почитать первоисточник, например
c:\AT91-ISP v1.13\sam-ba 2.9\doc\CustomApplet.txt
в части. а лучше весь, а так же документацию уровнем выше..
все расписано - что компилировать, как, чем..

3. Customizing SAM-BA
In case you have a custom design that is different from the design of AT91SAM Evaluation Kit, you may need to adapt the code of the applets and recompile some of them. All the sources are provided with the AT91-ISP installer, and applets are written in C.