Вопрос снимается, разобрался.
Править файлы нужно в папке:
.../output/build/linux-custom/arch/arm/boot/dts
После правки запускать скрипт kernel_rebuild.sh
С конфигурацией выводов разобрался, в ручном режиме все работает, но есть проблема: при использовании ядра 3.0.35 мой бинарный файл управлял светодиодами, а после перехода на ядро 3.10.17 при запуске файла стал выдавать ошибку :not found.
Мои файлы скомпилированы под старое ядро, совместимое с 2.6.Х, а как теперь их скомпилировать под использование с ядром 3.10.17?
Скорее всего это из-за разных используемых динамических библиотек (собирали с одними, а запускаете с другими), самое простое - собирать приложение статически.
UPD Выделяйте пожалуйста вопросы в отдельные темы.