мнэ.. смотря, что за задачи и какого уровня..
если просто что-то туда бинарное валить из скрипта, то достаточно утилиты "dd" с подходящими параметрами..
если более "тонкие" движения, то наверно надо поискать как из Си работать с флешом - вероятно тут помогут исходники mtd-utils
еще вариант - натянуть флешовую ФС, типа jffs/jffs2.. я не смотрел объем ваших флешек, но ubifs скорее всего не подойдет..

Заметил, что запись часто проходит с ошибками. Чтение всегда проходит нормально.

а перед записью нужный блок во флеше стираете, не? типа:
flash_erase /dev/mtdN 0 1 (где N - номер девайса)

невнмательно читаю даташиты.