Делаю как указано в руководстве на плату в пункте 5.2:
1. отформатировал карту памяти под FAT
2. скопировал на карту памяти файлы из папки SK-AT91SAM9G45-XC6SLX\Images\uSD-restore\, скачанные по ссылке, присланной вместе с платой:
BOOT.BIN
image_sd.bin
system_prepare
9g45_xc6/*
3. установил карту в разъем X21
4. разомкнул J8
5. подал питание

Ничего не происходит. Подождал 5 минут - на терминале никаких сообщений.

Как cделать так, чтобы работала загрузка с uSD и восстановление NAND FLASH?

Дополнение.

Если через некоторое время замкнуть J8, то происходит загрузка из NAND FLASH.

В какую строну копать?

Вы же сами меня опечаткой в этом месте мануала тыкали:

Скрытый текст

Скрытый текст виден только зарегистрированным пользователям.

так как узнать-то, что ядро стартовало?

Загрузка отображаться в консоли будет, хотя на это замыкание J8 не влияет ...

В том-то и дело, что ничего не отображается.

Загрузите систему и вставте эту uSD в X21, должна как минимум детектироваться (сказать тип карты, объем и имя партиции) и если FAT ее устроит - должна автоматом подмонтироваться.
Если все это происходит (и файлы все на месте), тогда ковыряйте саму карту (или другую используйте).
Я надеюсь файлы в корень карты положили, а не скопировали в папке.

При загрузке системы карта автоматически монтируется:
mmc0: host does not support reading read-only switch. assuming write-enable.
mmc0: new high speed SD card at address 0002
mmcblk0: mmc0:0002 00000 1.86 GiB
mmcblk0: p1

Файлы в корне.
Карта - SanDisk 2GB. А какую вы посоветуете?

Вероятность 0,99 - не в самой карте дело.
В /src/utils/Scripts лежит скрипт SD_card_booting_prepare, им я свою карту готовил.

Переразметил карту. Заработало.