Тогда только через Linux с его mtd утилитами вычитывать дампы флешки ...
Но все это слишком сложно получится.
Вы для начала определитесь, трабл в железе или нет - запустите штатный скрипт can_test и посмотреть осциллографом (во время работы скрипта) - бегает ли сигнал по TX до трансивера и после него.
Если все на месте, соедините две платы и так же проверьте can утилитами (как описал sasamy)...
Просто я не пользовался анализатором can шины и не в курсе, устраивают ли его "самодельные" пакеты.
Если дело в железе, отправляйте ее нам, будем разбираться.

По поводу старого ядра и чудесно работающего у вас драйвера FlexCAN от Freescale можете посмотреть тут

https://community.freescale.com/message/280645#280645

IP FlexCAN у imx28 и imx53 аналогичны, в ядре один и тотже драйвер. В последнем ядре этот патч и используется - бэкпорт драйвера из ванильного ядра 2.6.38

Мои последние новости борьбы непонятно с чем :)

Залил новое ядро на старую плату (ту, что работала). Для теста только в RAM. Настроил со всей тщательностью, но CAN не заработал, значит дело не в железе, а в моих непонятках с драйвером.

Соединил старую и новую плату вместе. High к high, low к low, терминаторы на обоих платах включены. Ifconfig на обоих пишет что пакеты уходят, ошибок не регистрирует, но candump молчит что на одной, что на другой. Значит новый драйвер все никак не хочет ни отправлять ни принимать

По поводу ссылки и драйвера от Freescale. Нашел я там патч для imx28 420-kernel2.6.35NewCANDriver, изменяющий файлы в ветке /drivers/net/can/ а также в /arch/arm/mach-mx28/. Попробовал откатить этот патч на виртуальной машине. С веткой драйвера вроде все понятно, применилось как надо. С веткой arch - в mx28 и mx5 файлы организованы по разному, что изменить в /arch/arm/mach-mx5/ или где либо еще чтобы старый драйвер применился пока не знаю.

Цитата

что изменить в /arch/arm/mach-mx5/ или где либо еще чтобы старый драйвер применился пока не знаю.

Возьмите последнее ядро без своих изменений и пропатчите так (только резервную копию сделайте)

Цитата

$ cd путь_к_исходникам/linux-2.6.35.3-11.09.01
$ wget -O - http://sasamy.narod.ru/imx53/linux-2.6.35.3-11.09.01_can.patch | patch -p1 -R

только странно все это - либо вы что-то лукавите (я приводил логи тестов - прошивка на новой плате без каких-либо изенений), но это уже ваши личные дела :) либо в образе который на плате у вас записан ошибка.

Огромное спасибо, откатил драйвер до фрискейловского, всё заработало. В будущем, если будем ещё закупать эти платы, попробую снова помучать новый драйвер, а пока что мне достаточно и этого.