Попробовал работать с ком портом UART2 (откликался на /dev/ttymxc1).
Периодически возникали ошибки при вызовах tcsetattr(), помогала только перезагрузка.
Возникло предположение, что на порту не меняется скорость (нет под рукой прибора проверить). Поставил утилиту setserial, вот что на выходе
Похоже на проблемы с драйвером. Использую ubuntu_server и ядро которое там было.
Пересобрал rel_imx_3.0.35_4.1.0-sk, поставил. Порт вообще перестал работать (соединяю Tx и Rx через сопротивление и проверяю эхо). setserial вывод не изменился, но пропал /dev/ttyGS0
2. добавил "silent=1\0" \ и изменил console на ttymxc2 в #define CONFIG_EXTRA_ENV_SETTINGS
Теперь сообщения не выводятся однако при обращение к порту Linux зависает с перезагрузкой по Watchdog
Если добавить #define CONFIG_SILENT_U_BOOT_ONLY
остаются только сообщения ядра, но все равно используется порт ttymxc0. В конце загрузки ядро пишет что переключается с bootconsole на ttymxc2, т. е. игнорируется параметр console=ttymxc2