Давно уже пользуюсь buildroot - собираю toolchain и систему с uClibc. Тут плотно понадобились NPTL потоки и наткнулся на глюки с ними в uClibc, а точней с мютексами. Поставил внешний компилятор codesourcery (arm-2010q1-202-arm-none-linux-gnueabi-i686-pc-linux-gnu) и все нормально заработало!

Может кому-то это уже известно, но на всякий случай - берегитесь uClibc! ;)