Мда, а вот пользователя-то я и не проверил и "mount: you must be root" не заметил... Кстати, в system_prepare_mat9g45 я не вижу ничего, похожего на вызов chown. Восстановленная система тоже не должна загрузиться, очевидно ? Или пользователь для файлов на root fs ещё как-то меняется ?
там по ошибке корневая (busybox в частности) создается с владельцем - простым пользователем, где-то я писал об этом тут на форуме. Не знаю как там так получилось, но вообще buildroot использует fakeroot для создания образов.